くまのみさん、こんにちは。

私もよくグアム・サイパンでダイビングをします。
（タイには行ったことはありませんが・・。）

日本で予約をしていく場合、日本で事前清算が出来る場合もあるので、利用するショップに確認してみるといいかもしれませんね。
そうすれば、ボート上には飲み物を買う程度の小額の現金程度で大丈夫かと思います。
事前清算が出来ない場合は、もしくは現地で申込をした場合は、ボート出港前にお店に預けてしまいます。
複数日のダイビングの場合は、最終日に清算して頂くようにしています。（これが普通かな？）
私はタイに行った事がないし、私がグアム・サイパンで利用しているショップの話なので、参考になるかどうか分かりませんが、多くはホテルからボートの所までの送迎があり、ボート乗り場にはその船の事務所とかがあるので、そこに預ける事もあります。

あまり参考にはならなかったかもしれませんが、事前に利用するお店のHPなどで調べて、メール等で確認してみるといいかもしれませんね！